江苏省中国特色社会主义理论研究基地主任任平在《人民日报》撰文说，关系国计民生的重大科技创新，往往是涉及面广、要求高、难度大的系统工程。如何使这些系统工程取得最优成效？发挥市场经济条件下的新型举国体制优势十分关键。新型举国体制将政府与市场“两只手”的作用同社会主义制度优越性有机结合起来，能有效聚集人力、财力、物力，为重大科技创新增添强劲动力。

　　新型举国体制与传统举国体制相比主要有三大转变。一是从行政配置资源为主转变为市场配置资源为主。传统举国体制主要依靠政府财政投入，资源配置由政府大包大揽。新型举国体制是建立在市场起资源配置决定性作用基础上的，国家利用科技产业政策和其他手段引导市场，企业成为科技创新主体，运用市场方式、经济手段解决国家科技创新工程立项、决策、预算投入、利益分配等问题。二是从产品导向转变为商品导向。传统举国体制更注重技术链，相对忽视价值链；更注重科技成果和工程的产出，相对忽视市场和价格表现及相关方的利益分配。新型举国体制既看技术链也看价值链、既看产品也看市场表现，并兼顾利益分配。三是从注重目标实现转变为注重目标实现与注重效益并重。传统举国体制目标相对单一，更看重科技目标实现，较少考虑经济效益；新型举国体制既要考虑实现目标，也要考虑投入产出效益。